（注：一说宣慰司1个即容美；宣抚司4个即施南、散毛、忠建、忠峒；安抚司13个即东乡、金峒、忠路、忠孝、高罗、大旺、东流、龙潭、沙溪、五峰、石梁、椒山、水浕；长官司15个即木册、唐崖、腊壁、卯峒、漫水、西萍、建南、玛瑙寨成、石宝深溪、下峒平茶、塔平（或源通塔平）、木寨前峒、红鸾后峒、戎角左峒、能陛右峒。）天正六年（，改施州卫军民指挥使司为施县，辖管境内各土司，次年改恩施县，取皇帝恩泽施地之义。
天正帝实行改土归流以后，废除土司制度，改为流官制度，设一府五县（即施南府、恩施县、宣恩县、来凤县、咸丰县、利川县）。
同时将最大的容美宣慰司改鹤峰州、长乐县，划给宜昌府管辖。
也正因为历史上今恩施地区有如此多的土司，才有后世成立自治州的可能。
目前响应和未响应“改土归流”的土司名单他已经列出来了。
东乡王路安抚司：治所在今宣恩长潭，下辖摇把峒，上爱茶峒。三长官司，镇远、隆奉蛮夷长官司。
（2）忠路安抚司：治所在今利川忠路，下辖剑南长官司，治所在今建南。
（3）忠孝安抚司：治所在今利川元堡。
（4）金峒安抚司：治所在今咸丰金峒。下辖西坪蛮夷官司，治所在今咸丰活龙坪。
（5）中峒安抚司：治所在今宣恩。
三.散毛宣抚司：治所在今来凤县境地内的猴栗堡老司城。领安抚司二。
（1）龙潭安抚司：治所在今咸丰清坪龙潭坪。
（2）高罗安抚司：下辖思南长官司。
四.容美宣抚司：在今鹤峰，下辖盘顺、椒山玛瑙、五峰，石宝、石梁
下峒、水浕源、通塔坪诸长官司。其地域包括了今五峰、鹤峰以及长阳、巴东、建始诸县。
此外，木册、镇南、唐崖长官司，为施州卫直辖。