内阁大学士可以兼领地方总督一职，但这也只能是朱由检的绝对心腹且必须是京畿地区，以便军政协调。
应天战区，以路振飞担任总督，御马监何新任总兵官。
淮扬战区自然是李明睿担任总督，周遇吉任总兵官。
如此，凤阳、应天、淮扬三个战区便俱是朱由检随扈南迁的嫡系。
苏淞战区，乃江南富庶之地，也是江南士绅集中地，朱由检干脆让流贼出身的高杰任此地总兵官和总督。
这样，也算是避免江南士绅掌控军权。
毕竟高杰这样的人素来不被士大夫相容，如今朱由检偏偏让高杰驻守苏淞，无疑是有意恶心一下这些士绅。
湖广战区，朱由检只能名义上任命左良玉为总兵官，何腾蛟为总督，但朝廷并没有多大的实际控制权。
江西战区，朱由检则让袁继咸任总督，黄得功任总兵官。
这样一来，黄得功的大军直接以调任为名义换防江西九江南昌一带，同安庆和庐州一带的刘方亮一起从东面和南面两个方向防备左良玉部。
云贵战区和两广战区，朱由检则一时不知该拟定何人选，便只能暂且搁置着。
浙江战区，重在防倭和福建郑芝龙海盗，朱由检便让曾在山东与周遇吉共事且也算是自己随扈南下心腹的孙元纶任浙江总督且兼总兵官。
而福建之地，朱由检便调任自己的随扈南下心腹申佳允为福建总督，福建总兵自然是郑芝龙。
朱由检现在也必须承认郑芝龙在福建的实力，且也不得不以示重用。
除福建和湖广、云贵、两广以外。
最重要的京畿三个战区和江西、河南、山东三处前沿战区都已安排了可靠的人。