1915年，拉斯普京与沙皇的关系曾一度交恶，被赶出皇宫。
结果皇太子突然流鼻血，当皇后求助于拉斯普京时，他故意迟了两天，没想到太子的病情因此恶化。
但是只要拉斯普京一出现，太子就奇迹似地病情好了。
从此，由于他这种不可思议的力量以及对太子的疼爱，沙皇尼古拉二世也完全屈服了，凡事都要让他三分。
1916年年末他忽然写信给沙皇，说自己将在1917年的一月之前被杀，并说如果自己是被民众杀死，那么皇帝还有几年可活，如果自己死于贵族之手，那么整个皇族都活不过两年。
不久后，拉斯普京的预言应验了。
1916年12月29日（俄历12月16日），尤苏波夫亲王、皇族成员德米特里·巴甫洛维奇·罗曼诺夫大公、俄罗斯杜马右翼议员普利希克维奇、尤苏波夫的密友苏霍金大尉和一名医生在彼得格勒的尤苏波夫宫设下陷阱。
尤苏波夫以妻子伊琳娜为诱饵（有说法认为同性恋的尤苏波夫以自己为诱饵），将拉斯普京诱来，给他吃了8块掺有氰化钾的蛋糕，喝了一瓶掺有氰化钾的马德拉酒，但拉斯普京毫无反应。（注2）
于是尤苏波夫向拉斯普京开了一枪，打穿了他的肺叶，碰伤心脏后留在肝脏里。
众人以为他已经死掉，正要处理尸体时，拉斯普京突然苏醒过来，扼住尤苏波夫的喉咙，说：“费利克斯，费利克斯，明天就把你绞死”，随后挣脱了众人的制服，跑到尤苏波夫宫的庭院里。
普利希克维奇追出屋外，向拉斯普京开了三枪，最后一枪正中其头部。
密谋者将他拖进屋内，拉斯普京再度苏醒过来，尤苏波夫用哑铃猛击其太阳穴，将他再度击昏。
拉斯普京最后被扔入涅瓦河的一个冰窟窿中，尸体于次日被发现。
法医验尸结果表明他是溺水而死的，拉斯普京肺中全部是水。
如果丢入河中的就是一具尸体，他的肺中是不可能有这么多水的。
据推测，拉斯普京可能在冰面下的冰水中还存活了8分钟之久。
拉斯普京的尸体经过防腐处理后被运到皇村，亚历山德拉皇后在那里为他修建了地下墓穴，并计划在墓穴上修建修道院。