这时，皇宫突然起火，烈焰冲天，混乱中却找不到建文帝的踪迹。朱棣闻讯，急忙下令紧闭宫门、城门，派人四处搜寻。
一连数日，叛军一无所获。朱棣把一些没死的太监和宫女找来询问，一位大胆的太监指着一具烧焦的尸体说这便是皇帝，其余内侍也随声附合。于是朱棣命人把这具尸体当作皇帝盛殓起来。至于那是真皇帝、假皇帝抑或是一名太监宫女，却无从证实。
关于建文帝的生死，众说纷纭，难辨真伪。有人说他出逃后先到神乐观暂避战乱，之后三人相伴浪迹江湖，行踪遍及云南、四川、贵州、陕西、江苏等地，并在国外度过了后半生……各种传说已无确切文字史料记载，至今仍是明史上的一大悬案。”
聂灵珊感叹一声，然后道：“那建文皇帝应该没有被他叔叔杀死吧。”
杨逍点了点头，指着眼前的龙座道：“看来，建文皇帝后来应该逃掉了追杀。看这里的铭文，他应该葬在了这个地方。没想到一代皇帝，竟然跑到巴厘岛这样的小地方终老。”
聂灵珊走到龙座前，却发现这椅子上摆着一卷黄色的东西。轻轻的拿起这块步，只见上面写着圣旨两个字。原来这个东西，是建文皇帝的遗诏。
杨逍将这道圣旨打开，只见上面写着蝇头小楷，记载着这一段曾经尘封的历史。这上面的字迹清秀，是那位只当了四年皇帝的建文帝的真迹。原来，历史的真相是这样的——
当年，当金川门失守的消息传至皇宫后，建文帝长吁短叹，徘徊前庭，打算自尽。这时一个老太监猛然想起了太祖朱元璋的遗嘱，便急忙拿出一个铁皮箱递给皇帝，说是太祖临终前交给他收藏的，太祖特意叮嘱：“遇大难，启之。”
建文帝打开铁箱一看，里面有三张度牒，分别写着“应文”、“应贤”、“应能”三个名字。有三副袈裟，僧靴僧帽，一把剃刀，十锭银子。另外还有太祖朱元璋亲笔朱书一封：“应文从鬼门出逃，余人从御沟出走。”
刚巧建文帝身边的两个太监一个叫杨应能，一个叫叶希贤，两人读罢朱书，像是心有所悟，解开了“天机”，便自愿与朱允炆一起落发为僧，按朱书所示，分头逃离京城。
这三个人当中的杨应能，竟然是天龙门的弟子。在危难之时，他想到了向天龙门求救。为了保护建文帝以及自己的子弟，天龙门发动全体门人，保护建文帝。天龙门在江湖上的地位非常崇高，可是参与到这夺嫡的皇权斗争之中，也是非常的险恶。
建文帝本想雄心勃勃收复失地，光复帝位。只可惜朱棣也是一代明君，迅速的将朝中局面安定了下来。不仅如此，朱棣称帝后，确实派出许多心腹查访过朱允炆的踪迹。大臣胡节到处巡游就领有这一旨意，后来郑和率船队下西洋，就曾肩负这项重大使命，其主要目的就是打探建文帝是否已逃往海外并建立新的政权。
为了保护建文帝不被杀害，天龙门的精英损失惨重，只留下了杨应能等几位武功高强之士。被逼无奈之下，建文帝取出预先留下的一笔巨大的财宝，制造了几艘大船，在杨应能与叶希贤等忠义人士的保护下，远渡重洋，来到这巴厘岛上。
巴厘岛上本来有一群原著民，尚未开化。这时，那个姓叶的小太监拿出自己拿手的把戏，训练野兽，宣称建文帝是所谓‘巫蛊教’教主，要众位教徒臣服。在他露出了几手小小的神迹之后，这些原始民都开始臣服于这个教派之下。
为了躲避追杀，建文帝特意开辟了一片原始森林，设置了很多的陷阱，就是眼前的这片‘死亡丛林’。
这时，建文帝已别无所求，开始建造自己的地下陵寝，希望自己死后可以厚葬。在耗费了巨大的人力财力之后，他终于建造了这样巨大的地下宫殿。
可是，这时为了‘巫蛊教’的立下汗马功劳的叶希贤，不希望这样一大笔财宝埋藏于地下，与建文帝发生了争执，渐有不臣之心。由于叶希贤擅长于这些‘巫蛊’之术，在教中渐渐培养出了大批亲信。