长安兵乱之后，朝政由李傕、郭汜等共同把持，虽说如此，陈凌并不气馁，反而更加勤勉，韬光养晦。为了选拔新的官员，培养新的帝党，陈凌恢复了科举。
初平四年（公元193年）九月甲午，赴京考试的儒生共四十余人，上第的赐位郎中，其次的封太子舍人，下第的考生没被录用。陈凌看到考生中有年过六十的老人，心生怜悯，下诏赐封这些年过半百的考生为太子舍人。诏书上写道：“孔子叹‘学之不讲’，不讲则所识日忘。今耆儒年逾六十，去离本土，营求粮资，不得专业。结童入学，白首空归，长委农野，永绝荣望，朕甚愍焉。其依科罢者，听为太子舍人。”
陈凌之所以这么做，一方面是念及他们寒窗苦读几十春秋，有的甚至赊借钱粮赴京考试，为的就是能有一天及第受封，报效朝廷。如今年已花甲，却再度落榜，恐怕往后再也没有机会参加科举考试了。陈凌是从千年以后来的人，深知科举的弊端，因此非常同情这些儒生；另一方面，她认为这些老儒生最念汉朝旧恩，现在赐封他们，他们必定感恩戴德，拥护摇摇欲坠的东汉王朝，而且她也可借此收纳天下士人之心。
同年冬十月，陈凌在司空赵温的提议下，遣使者段训给大司马刘虞增加封地，令其督统六州，同时升迁公孙瓒为前将军，封易侯。陈凌本来犹豫再三，然而李傕、郭汜二人却极力赞同，因此她也只好首肯。当段训到达幽州之时，公孙瓒诬陷刘虞图谋称帝，胁迫段训斩刘虞及其妻子儿女于蓟市。刘虞死后，公孙瓒将他的首级送往京师。刘虞旧部尾敦念主旧恩，在路上劫走了他的首级并安葬。公孙瓒本以为这招借刀杀人就可以掩盖其弑主之名，却不知这样反而适得其反。在害死刘虞之后，公孙瓒丧失人心，土崩瓦解，为他最后的覆灭种下祸根。
兴平元年（公元194年）春正月辛酉，大赦天下，改元兴平。
同年二月，陈凌追尊谥刘协已故生母王氏为灵怀皇后，后改葬于文昭陵。
同年三月，久居凉州的征西将军马腾入长安朝见天子，驻军于霸桥，因李傕拒绝其请求，马腾与侍中马宇、左中郎将刘范、谏议大夫种劭、中郎将杜禀等人合兵进攻李傕，二军相持多日。与马腾同据凉州的镇西将军韩遂知道消息后，带兵到长安为他们和解，然而被马腾等说服，一同攻打李傕。两军在长安以西五十里的长平观摆开阵势。
当下，马腾、韩遂联骑而出，马腾指着李蒙、王方骂道：“反国之贼！谁去擒之？”
这时，只见一位英俊的少年将军，面如冠玉，眼若流星，手执虎头湛金枪，坐骑骏马，从阵中飞出。这位英勇不凡的少将军，便是马腾之子马超，这时的马超年方十七，英气逼人。
校尉王方见出来的是个年幼的小将，根本就不放在眼里，于是挥刀跃马迎战。两人战不到数合，王方便被马超一枪刺于马下。李蒙见王方已死，于是挺枪驱马迎战。马超一个闪身，李蒙刺空，两马相并，马超一个回枪，李蒙被刺下马。军中无主，王，李的军队顿时成了一盘散沙，到处奔逃。马腾、韩遂于是乘势追杀，大获全胜，直逼隘口安营扎寨。
李傕、郭汜听说李蒙、王方皆被马超杀了，一阵惊慌。于是采用了贾诩之计，紧守关防。任由马腾等人骂到口水干，他们就是不出来迎战。不到两个月，西凉军粮草已尽，马腾等人只得拔寨退军。这时，李傕、郭汜却令张济引军追赶马腾，樊稠引军赶韩遂，西凉军大败。马腾只好安排马超断后，张济不敌，只好退兵。樊稠追韩遂到陈仓，眼看就要赶上。
韩遂勒马向樊稠喊道：“我与公乃同乡之人，今日何太无情？”
樊稠也勒住马回答道：“上命不可违！”
韩遂接着说道：“我此来亦为国家，公何必咄咄相逼？”
樊稠听罢，自觉有愧，于是与韩遂交谈良久后方才罢兵，让韩遂帅部众离去。
然而李傕的侄子李利一直不满樊稠，他把樊稠放走韩遂一事报告给了李傕。李傕听罢，怀疑樊稠想与韩遂联合，然后图谋自己，于是对樊稠产生了猜忌。
国家社稷即将颠覆，天下灾难不断。兴平元年(公元194年)，三辅大旱，自四月至七月正是农事旺季却一百多天没下过雨。粮食短缺以至于谷价腾贵，谷一斛五十万，豆麦一斛二十万，京城四周的饥民不断涌入长安城讨饭，城中甚至出现了人吃人的现象，饿殍横尸街头，惨不忍睹。
朝堂之上，陈凌与公卿大臣在商议救灾一事。