就这样，御坂美琴的DNA情报，被这家研究机构所掌控。
然后，就是噩梦。
为了绝对能力者计划，原本冻结的超电磁炮量产计划复苏，“缺陷电力”御坂妹妹已经上了生产线，只要按一个按钮，要制造多少个都能随心所欲。
成本是18万日元，和一台高性能的电脑没什么两样。
为了使某个人升级，这样的妹妹，被制造了两万个。
而且这些妹妹生下来的命运就只是为了被杀死。简直像是送入生物实验室的牛蛙。
一切的原因，全都是年幼的美琴一时大意，将DNA情报提供出来。少女的好意，造成了两万人将被杀死的事实。
一开始看到初春解析的情报时根本没法相信。开玩笑的吧？肯定又是哪个无聊的家伙传播的谎言。这样的计划根本不可能实现的嘛……
然而初春传过来的那份情报中，还附有一张时间表，其中第9982次实验已经开始，而提供了解析关键的“暗号”的御坂妹妹，在半小时前与她道别。
之后的一连串现实，将少女的心，彻底粉碎。
在第二天，御坂美琴挑战一方通行，完败。
于是少女把目标放在了那些参与实验的研究所上，期间虽然遇到过自称为暗部的大能力者的干扰，但是她依然将计划中的研究所的研究设备全灭，并成功地看到最后一家“S处理社脑神经应用分析所”破产的消息。
然而，就在今天，她又看见了妹妹的身影。
看来即使摧毁再多的研究机构，“实验”仍然会被其他研究机构接受进行，妹妹们的死亡仍然无法阻止。
这个实验，必须阻止。
就算牺牲自己的生命，也必须停止这个疯狂的实验。