太平洋的海底，突然隆起来了一个神秘的超古代遗迹。
从那里出现的邪恶魔鸟，怪兽佐加支配了整个天空。
虽然迪迦奥特曼和丽娜一起把它消灭了。
但是，新的危机才只是刚刚的开始。
神秘的超古代遗迹，狂暴的闪电肆虐。
神秘的黑雾，开始从遗迹向着世界各处席卷开来。
天空被遮蔽，大地被掩盖。
黑暗的世界，就像大古梦中的那般，已然出现。
“你觉得我们能赢吗？如果，我们的命运注定最终要灭亡的话......”
白雪号上，丽娜对着大古有些不自信的说道。
“这是什么命运。我们一定要改变它！”
大古的坚定回答，让丽娜动摇的心也开始稳固了下来。
伴随着闪电，海底的遗迹开始上浮露出水面。
“啊！到底发生什么了！”
收到剧烈的海水波动影响，前往勘察的崛井和新城两个人，新城用力地握着架势杆说道。
“那个大黑影是什么东西！”崛井这时候突然看到了收集器捕捉到的现场图像，震惊的说道。
长眠于此的黑暗的支配者。经过三千万年的休眠，终于要再次苏醒，为了夺取这个世界而让世界陷入绝望的黑暗。