爱情第一次改变了TheOne的属性（在不具备爱之前，Neo不是Oracle心目中的TheOne，是故她当面否认），Neo站到Oracle这一边，革命燃起了希望的火种。但，正因为我们看完了整个《Matrix》系列，所以我们知道Neo是机器，他存在的目的就是为了机器的升级，他将在爱和使命中挣扎，他最终选择了牺牲。所以接下来，我们将满怀痛苦地看着一场爱情悲剧无可避免地上演。
革命开始了！Oracle抛下了骰子，冒险一赌，以后发生的事，她再也无力控制，这就是革命的代价，不是成功就是毁灭，变革的道路充满了重重困难和危机，而身居其中的任何人也不知道，这一切又将何去何从？
四、故事的发展：《Matrix2：Reloaded》
这里插一笔，把《Matrix2：Reloaded》译成《重装上阵》比《冲出矩阵》要更符合原意得多，因为第二集在整个系列当中，属剧情的发展，讲叙的是Neo以“觉醒之眼“巡游Matrix和Zion，同时体味机器与人类的疾苦，切身感悟全人类即将遭到灭亡的危机，深入反省人机关系的矛盾，最后终归要回到Matrix，完成系统升级（Reloaded）的使命的故事。
Neo在《Matrix2》中的历程应该与他的前五任TheOne大体相同，因此作为故事，其中最有趣、也最值得叙述的就是已经具有爱的属性的Neo与前五位TheOne的区别之处。请大家在阅读下文以及观看影片时，在心中时刻保持着这种比较。
在人类即将遭到毁灭的恐怖前景下，Neo、Morpheus和Trinity杀回Matrix，寻找Oracle；与此同时，Matrix第六次升级也即将开始，与升级有关的Oracle、TheKeymaker（开锁匠）也遭到抗拒升级的Merovingian（法国人）的追杀和封锁。Neo与Oracle在危机四伏的环境中秘密会面。此时，TheOne的属性已经改变，Oracle虽然争取到了Neo，但却无法控制Neo下一步的行动，所以她在照例指明TheOne去夺取TheKeymaker之前，则以长篇谈话暗示Neo，你已被改变，你就要作出去营救Trinity的选择，但你必须认清自己的使命：你也是程序之一，你必将回到源程序。
以后的剧情讲叙故事发展必须交待的两件大事：一是跟随Neo，我们首次看到了Zion的人类生活实景，在整个旅程中，Neo带着对Trinity的无限深情俯视爱人生活的美好家园，没有这片土地，他的爱也就不复存在。
第二件事就是夺取被Merovingian囚禁的TheKeymaker。请留意Merovingian与情妇Persephone合谋演戏窃取TheOne代码的一场戏（这是Neo在第三集里被Merovingian囚禁的原因）。若比较前五位TheOne，可以想到，如果没有Neo对Trinity的爱，索吻一幕绝对不可能发生（Persephone要求Neo必须吻得象吻Trinity一样深）。
换而言之，这是机器国度保守势力第一次偷到了TheOne的代码，以为可以就此阻止Matrix的第六次升级。这当然超出了Oracle与TheArchitect（架构师）的预想，为革命投下一道不详的阴影。
在接下来紧张刺激的“高速公路追逐戏“中，也许前五次也曾发生过类似一幕，但请观众留意，这居然是Merovingian首次发现TheOne虽能抵挡子弹却仍能为刀剑所伤，遂以一场群殴围困住了Neo，结果Morpheus和Trinity为代表的人类是在没有Neo的帮助下孤身闯关，这既是出于对Neo的爱情和友情，也在战斗中表现出力拼人类最后一线生机的英雄气慨。若这里没有人类勇闯禁区的殊死搏杀，TheKeymaker难逃被Agent（特工）半途劫掠的厄运（意识简单的Agent犯了一个错误，他以为TheKeymaker是没有用途、待将删除的程序，但TheKeymaker坚持说他自有自己的用途；这是因为TheKeymaker和Neo一样，属于升级程序的一部份，他们的重要性均不为Agent所知），这在某种意义上标志着人机之爱达到了一个前所未有的高度。
遵循剧情编排的逻辑，第二集在导演沃卓斯基兄弟的意图中只是铺垫和过渡，没有太剧烈的高潮，着力于对转折点--Neo毅然选择去救Trinity--的渲染上。故事的精巧在于，影片从已具有预感能力的Neo的一场噩梦开始，Neo请求Trinity无论如何都不要进入Matrix；但最后形势逼迫，Trinity为援救Neo，奋不顾身杀入Matrix，使得Neo在转折处带有刻不容缓的紧迫性和几近爆炸性的感情迸发。至于影片的结尾处，Neo在真实世界以血肉之驱只手毙倒电子乌贼，而后昏厥过去，一句“我能感受他们“证实了Neo的程序属性。
容易被忽略而又与下一集紧密相关的内容是：机器国度的暴政--机器在机器的统治下，也是没有选择权的（包括TheOne），程序只为目的而活，无用者将遭到删除的命运。所以到第二集结束止，敢于起身反抗暴政的只有三个程序：Oracle、Seraph（先知的守护保镖）与TheOne。到了第三集，我们才看到有更多程序的自我意识觉醒：Rama和他的妻子，以及他们的小女儿Sati（未来的Matrix管理员），在革命之前，他们仅有一种选择：借Merovingian地下势力偷渡出01城（机器城）--这其实与人类在暴政国家生活的境况岂不是一样？！
五、故事的高潮和结局：《Matrix3：Revolutions》
哪里有暴政，哪里就有革命；革命一旦发生，就不是革命的领袖--Oracle--所能控制的；革命的结果也不必然是胜利：不是机器的进化，就是两败俱伤。影片就这样带着沉重得让人透不过气来的悬疑逐渐进入到高潮。
由于在《Matrix2》中出现了与前五次不同的波折，Neo被Merovingian窃取了代码，囚禁在火车站中，Oracle不得不冒生命危险再次现身（她由于领导这次革命，已成了巅覆机器国度的反动派，同时遭到Merovingian和TheArchitect的双重追杀）。
向人类求助，幻想破灭、气急败坏的Morpheus厉声质问：“你叫我怎么还能相信你？！“Oracle用以打动他们的，对Trinity是爱，对Morpheus而言，则是他与Neo的友情。其后人类杀入地狱酒吧，此时出现了戏剧性的一幕：Persephone转而帮助人类，救出了Neo。这是因为Persephone借索吻之机，既偷取了Neo的代码，同时也体会到Neo对Trinity的爱--机器对人的爱，她被这种爱所感动，在某种意义上背叛了她的组织。这是否在昭示这场社会革命必须由人与机器联手才能完成？
答案是否，因为Neo被囚禁已经超出了Oracle的预想，在业已让人类失去信心的情况下，Oracle仍然向人类求助，显然是不得以而为之的唯一办法--Oracle事先并无把握人类是否会答应。剧情发展到此，读者可能已经在脑海中产生深深地置疑，在这场伟大的革命当中，人类莫非只是一道工具，先是被Oracle诱以影响乃至改变TheOne在TheArchitect面前的选择；现在又要去拯救这场革命中意外发生的变故？这个疑问将把我们指向《Matrix》的最后真相！我到这里才开始阐释影片另外一条主要线索：Smith（史密斯）。希望大家不要因此误解，这只是由于文字与影像表述方法的不同。对于Smith，影片明确说明他是Neo一体两面的对立面。换成剧情逻辑的表述，就是说如果Neo代表着机器对人类的爱，那么Smith就代表着机器对人类的恨，机器的这两种情感同样存在，也同样强大，任何单独一方都可以威胁到整个Matrix的生存。
以下是一个猜想，也许计算机专家能从另一面论证：TheArchitect是阴险的当权派，当他不得不与Oracle达成妥协，接受Zion人类存在的事实时，他就已经在背后安排了提防Oracle发动革命的另一种相对等的克制力量，赋予Smith随着Neo的变化而同等变化的能力，这样Smith就成为了统治阶级镇压革命的武器，他具有所有社会革命当中邪恶势力的一切属性：黑暗力量与光明力量同步增长。